江苏农业科学2012年第4o卷第4期 钟万芳,丁少军.细菌几丁质酶的结构与功能研究进展[J].江苏农业科学,2012,40(4):1—3 细菌几丁质酶的结构与功能研究进展 钟万芳 ,丁少军 (1.南京林业大学,江苏南京210037;2.江苏省农业科学院植物保护研究所,江苏南京210014) 摘要:细菌几丁质酶因其潜在的应用价值而越来越受关注。细菌几丁质酶属于糖苷水解酶家族的18、19家族。 典型的细菌几丁质酶包括将成熟几丁质酶分泌到胞外的信号肽、起催化作用的催化区、特异性结合氨基葡萄糖及几丁 质的几丁质结合区以及一个功能尚不清楚的短的c端区域。本文重点介绍了细菌几丁质酶的结构域及其功能。 关键词:细菌;几丁质酶;结构域 中图分类号:Q939.105 文献标志码:A 文章编号:1002—1302(2012)04—0001—02 几丁质(c ̄tin)是真菌细胞壁的重要成分,与真菌细胞的 1.1信号肽 发生和维持以及分隔的形成有关,几丁质对真菌生长及其功 由于大多数细菌几丁质酶为胞外酶,因此都具有信号肽 能具有重要意义。因此可以利用几丁质酶降解真菌细胞壁中 序列,信号肽的剪切位点常位于2个Ala残基之间。几丁质 的几丁质,从而抑制甚至杀死病原真菌…。几丁质也是昆虫 酶不同,其信号肽的长度及剪切位点也各不相同,但同源性较 体壁、内外表皮、呼吸道、肠腔等组织的主要成分,昆虫生长发 高的几丁质酶信号肽的相似性也较高,如黏质沙雷氏菌、豚鼠 育的各个时期都需要一定量几丁质。几丁质代谢随昆虫的不 气单胞菌Aeromonaz caviae)、肠杆菌(Enterobacter sp.)G一1 同生长发育阶段而变化,并保持相对稳定,这对昆虫正常生长 株的几丁质酶信号肽序列完全相同。有些细菌几丁质酶基因 发育至关重要。高等植物和高等动物体内则不含几丁质,几 在另一种细菌中表达时,信号肽剪切位点会发生改变,如环状 丁质酶对高等动物、植物没有直接毒性,因此选择几丁质酶来 芽孢杆菌WL一12几丁质酶A的信号肽剪切位点在Ala4。一 破坏昆虫几丁质结构或几丁质代谢平衡,对于协同防治虫害 Ala4 之间,而在大肠杆菌中表达时却在A :一Leu,,之间 。 具有极大的发展潜力 。 。自20世纪80年代以来,已经从 信号肽剪切位点发生改变可能是因为不同细菌在翻译后加 动物、植物、微生物中克隆获得了几丁质酶基因。根据氨基酸 工、修饰及蛋白的输出机制不同所引起的。值得关注的是, 序列的同源性,糖苷水解酶可分为58个家族 ,根据该分类 Streptomyces plicatus的几丁质酶基因在自身宿主中表达时可分 方法几丁质酶属于18和19家族。18家族存在于大多数细 泌到胞外,但在大肠杆菌中表达时却留在大肠杆菌细胞内 。 菌、真菌、病毒、线虫、昆虫、节肢动物、哺乳动物和一些植物 1.2催化域 中 J,19家族主要存在于植物和少数革兰氏阳性细菌中。细 催化域是几丁质酶催化几丁质水解的关键区域,同源性 菌几丁质酶由于潜在的商业用途颇受关注。目前,借助x射 较高,都含有2个高度保守的区段。其中Glu和Asp残基高 线晶体衍射技术和NMR技术,黏质沙雷氏菌(Serrat/a iT ̄rce8一 度保守,可能是在降解几丁质时直接与几丁质糖苷键作用的 cerl ̄)60 ku的几丁质酶A 和环状芽孢杆菌(Bac/// circu— 残基。须要指出的是,催化域的同源性与菌株的亲缘远近没 lans)WL一12株6o ku的几丁质酶A 的三维结构都已被解 有关联,如气单胞菌Aeromonas sp.No.10S一24菌株的几丁质 析。本文重点介绍了细菌几丁质酶的结构域及其功能,旨在 酶Chil、Chi2、Chi3催化域的相似性并不高 】。催化域的 为阐明其作用机理提供参考。 保守氨基酸残基差异决定了该酶属于糖苷水解酶18或l9家 1细菌几丁质酶的结构域与功能 族,目前除链霉菌属、气单胞菌No.10S一24菌株、伯克霍尔 德氏菌等少数细菌的几丁质酶属于19家族外,其他都属于 大多数细菌几丁质酶前体都具有相似的结构域,从N端 18家族。 到C端依次为信号肽(signal peptide)、催化域(catlaytic do— 有些细菌几丁质酶含有多个催化域,如Microbulbifer main)、几丁质结合域(chiitn binding domain)及一个短的C端 degradans 2—40几丁质酶B含有2个催化域,其中N端催化 区域。 域降解几丁二糖衍生物4 一methylumbelliferyl—N,N 一diace. 收稿日期:2011—10—08 tylchitobiose的速率是C端催化域的13.6倍,而C端催化域 基金项目:国家自然科学基金(编号:30500341);江苏省自然科学基 降解几丁三糖衍生物4 一methylumbelliferyl—N,N ,N 一tri. 金(编号:BK2011678);江苏省农业科技自主创新资金[编号:CX acetylchitotriose的速率是N端催化域的2.7倍。进一步研究 (09)615]。 发现,N端催化域和c端催化域分别表现外切几丁质酶、内切 作者简介:钟万芳(1978一),男,福建上杭人,博士研究生,助理研究 几丁质酶活性 。 员,主要从事微生物农药研究。Tel:(025)84390891;E—mail: 1.3几丁质结合域 wfzhong88@yahoo.corn.crl。 根据几丁质结合域三维结构的不同,可以分成I、Ⅱ和Ⅲ 通信作者:丁少军,男,博士,教授,博士生导师,主要从事生物技术研 型。真菌和植物的几丁质结合域属于I型;病毒和昆虫的几 究。E—mail:dshaojun@njfu.edu.cn。 丁质结合域属于Ⅱ型;细菌的几丁质结合域属于Ⅲ型。目前 一2一 江苏农业科学2012年第40卷第4期 成桶状结构外,还有一个Ⅳ端口折叠丰富的结构域(几丁质 结合域)和一个小的ot+ 结构域,其功能尚不清楚。其他18 还不清楚这3种类型的结合域在功能上是否存在差异。 在许多细菌几丁质酶的几丁质结合域中,芳香族氨基酸 Tyr和Trp高度保守,该结构域与纤维素酶、蛋白酶的序列也 存在相似性。几丁质酶通过不同折叠,将结合域中的芳香族 氨基酸暴露在分子表面,通过其实现与几丁质的结合。突变 试验证明了这一点,如Hardt等突变Bacillus circulans ChiA1 家族几丁质酶也具有相同的桶状结构,因此具有相同功能。 参考文献: [1]Ghasemi S,Ahmadian G,Sadeghi M,et 1a.Fisrt report of a bifunc— tional chitinase/lysoeyme produced by Bacilluspumilus SG2[J].En- zyme and Microbial Technology,2011,48(3):225—231. 几丁质结合域中的芳香族氨基酸Trp687后,基本消除了其与 几丁质的结合能力 。 与纤维素酶的纤维素结合域相似,几丁质酶的几丁质结 [2]刘东,陈月华,蔡峻,等.苏云金芽孢杆菌几丁质酶B特性及 合域主要负责与几丁质结合,使催化域更好地发挥水解作用。 其杀虫抑真菌的作用[J].微生物学报,2009,49(2):180—185. 如Svitil等发现,V/br/o horv ̄几丁质酶ChiA的几丁质结合域 缺失后,丧失了结合到晶体几丁质的能力,虽然该几丁质酶仍 然能降解晶体几丁质,但是降解能力较野生型几丁质酶有所 下降” 。K@ma等发现缺失了几丁质结合域的Aeromonas sp.No.10S一24几丁质酶对胶体几丁质和晶体几丁质的水解 活性分别下降了30%和65%_I 。在含有多个结构域的细菌 菌株中也发现类似结果,如嗜水气单孢菌(Aeromonas - drophila)JP101几丁质酶92有2个重复的几丁质结合域,在 其都存在的情况下,几丁质酶对粉末几丁质和胶体几丁质的 结合能力分别是单个几丁质结合域的l2倍和1O倍 。几 丁质结合域可能还有其他作用,如Svitil等发现,缺失了几丁 质结合域的 n叫几丁质酶ChiA水解胶体几丁质的能力 下降了5倍,而且降解产物也由N一乙酰氨基葡萄糖单体变 为多聚体,增加了几丁质酶的内切活性 。 一些纤维索结合域除能结合纤维索分子外,还能结合几 丁质分子,一些几丁质结合域也能结合纤维素分子 。但是 许多几丁质结合域仍保留了结合特异性,如B.circulans的几 丁质酶ChiA1只能结合几丁质,不能结合纤维素 。Shen等 推测芳香族氨基酸或其他氨基酸的空间位置决定了这种特异 性 ,但是该推测还有待进一步证明。 1.4 C端区域 目前几丁质酶C端序列的作用尚不清楚,Tsujibo等认为 假单胞菌属(Aheronomas sp.)0—7菌株几丁质酶的c端序列 由20个氨基酸形成一个疏水核,在酶蛋白通过细胞膜时,此 疏水核起重要作用 J。 并非所有细菌几丁质酶都含有上述结构域,如多数肠杆 菌(Enterobacter sp.)不含几丁质结合域,而Bacillsu cereus NCTU2几丁质酶ChiNCTU2则只有催化域 。除上述结构 外,一些细菌几丁质酶还含有其他功能区域,如环状芽孢杆菌 WL一12几丁质酶ChiA1、ChiD,苏云金芽胞杆菌几丁质酶 ChiA71、ChiA74、Ichi、Kchi、Schi等都含有黏蛋白Ⅲ型同源区 (fibmnectin typeⅢlike domain) J。 2细菌几丁质酶的三维结构 利用x射线晶体衍射技术和NMR技术,黏质沙雷氏菌 6O ku几丁质酶A 和环状芽孢杆菌60 ku几丁质酶A 的 三维结构已被解析。其三维结构相似,都是由8条 螺旋和 8条卢折叠形成的( +卢)8圆桶形结构,中心是由平行的卢 折叠结构组成的内桶,依次为卢1~卢8,并由 螺旋结构将其 逐个连接起来,在a螺旋和 折叠之间有一段无规则卷曲连 接,从而在桶状结构表面形成了一个底物结合部位。除了形 [3]CaiY J,Yan JP,HuxM,eta1.Improvingtheinsecticidal activity a— gainst resistant Culex quinqu ̄fasciatus mosquitoes by expression of chiifnase gene chiAC in Bacillus sphaericus[J].Appl Environ Micro・ biol,2007,73(23):7744—7746. 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(下转第3页) 江苏农业科学2012年第4|D卷第4期 一3一 李凤博,孙海艳.构建中国水稻生产标准化体系研究[J].江苏农业科学,2012,40(4):3—6 构建中国水稻生产标准化体系研究 李凤博 ,孙海艳 (1.中国水稻研究所,浙江杭州310006;2.全国农业技术推广服务中心,北京100125) 摘要:标准化生产是水稻产业发展的必然要求。通过对水稻标准化的内涵及其理论基础的探讨,以及对建立水 稻标准化的意义进行梳理,并在回顾中国水稻标准化发展历程的基础上,找出现阶段我国水稻标准存在的主要问题。 当前我国水稻生产产中环节标准体系缺乏、水稻生产技术标准体系尚未建立及水稻标准体系仍不健全。提出构建现 代水稻生产标准体系,以实现水稻生产的可持续发展。 关键词:标准化;存在问题;标准体系;水稻 中图分类号:¥511.048 文献标志码:A 文章编号:1002—1302(2012 Jo4—0003一o4 构建农业标准化体系,实施标准化管理,是提高农产品质 进入21世纪,我国农业发展受资源、环境、市场竞争、农 量、增加农产品附加值、促进农民增收的有效保证,也是提高 产品质量安全等因素制约 。随着生活水平的提高,人民对 我国农产品国际竞争力的重要战略措施。2007年1号 农产品质量的要求也越来越高,农产品生产与消费的矛盾加 文件指出:“加快完善农产品质量安全标准化体系”,“在重点 速了农业生产标准化的进程。随着农产品市场贸易的国际 地区、品种、环节和企业,加快推行标准化生产和管理”。同 化,发达国家多采用标准化生产及管理。我国农产品缺乏国 年4月,政治局第四十一次集中学习时专题讨论了 际竞争力,在走向国际市场的过程中不断遭遇“技术壁垒”、 “我国农业标准化和食品安全问题研究”,强调“没有 “绿色壁垒”等挫折 。经济的全球化对农业标准化提出了 农业标准化,就没有农业现代化,就没有食品安全保障”。同 更高的要求。我国农业发展受耕地资源匮乏、水资源短缺、自 年7月主持召开常务会议研究加强产品质量和 然灾害频发、人口众多等约束,只有实施农业标准化才能解决 食品安全工作,审议并原则通过《关于加强食品等产 资源短期与需求间矛盾。 品安全监督管理的特别规定(草案)》。从国家战略层面看, 水稻是我国最重要的粮食作物,产量占粮食总产量的 农业标准化生产和农产品质量安全已成为我国农业发展及保 35%以上,我国年均稻谷消费量约1.8亿t,全国约有60%以 障人民生命健康的重要议题。 上的人口以大米为主食 。稻谷供给是否充足、大米质量是 否安全,直接关系到市场的稳定及国家粮食安全,而粮食安全 收稿日期:2011—08—31 关系到社会稳定和。因此,探索水稻生产、加工、利 基金项目:国家自然科学基金项目(编号:70973143),浙江省自然科 用的可持续发展道路,对维系国家粮食安全、保障社会稳定具 学基金项目(编号:Y5110259);农业部种植业司项目“稻谷产需形 有十分重要的意义。但是,受生态环境污染、化肥农药过量使 势及宏观扶持研究”。 用、水资源制约、农业管理粗放等因素影响,大米及其制品的 作者简介:李凤博(1982一),女,山东茌平人,助理研究员,研究方向 为农业生态。Tel:(0571)63371009;E—mail:fbl1219@163.corn。 质量安全问题时有发生。2002年,我国广东、广西等地查出 “毒大米”数百吨,每年都有“问题大米”充斥市场,严重威胁 ● (上接第3页) substrate binding for catalysis:a chitinase wihtout chitin—binding [17]Chang M C,IJai P L,Wu M L.Biochemical characteirzation and site nad insertion domains[J].J Biol Chem,2010,285:31603— ・-directed mutational analysis of the double chitin一-binding domain 31615. from ehitinase 92 of Aeromonas hydrophila JP101[J].Microbiology [22]Barboaz—Corona J E,Nieto—Mazzocco E,Velazquez—Robledo R, lettem,2004,232(1):61—66. et a1.Cloning,sequencing,and expression of the chitinase gene [18]TanakaT,Fujiwara s,Nishikori S,et a1.A unique chitinase with du. c^ 74 from Bacillus thuringiensis[J].Appl Environ Microbiol, al active sites and triple subs ̄ate binding sites from the hyperther- 2003,69(2):1023—1029. mophilic al ̄haeon Pyrcococ ̄kodakaraensis KOD1[J].Appl Envi— [23]Thamthiankul S,Suan—Ngay S,Tantimavnaich S,et a1.Chitinase IDa Micmbiol,1999,65(12):5338—5344. from Bacillus thuringiensis subsp.pakistani[J].Appl Microbiol [19]Shen Z C,Jcaobs—Lorena M.Evolution of chitin—binding proteins Biotechnol,2001,56(3/4):395—401. in invertebrates[J].J Mol Evol,1999,48(3):341—347. 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