总细胞RNA的提取在建库过程中，由于cDNA合成这一步将使用通用引物oligo dT，因此在总RNA提取这一步中，提取纯化mRNA不是非常必要的。提取高纯度的总细胞RNA足可以被用作cDNA合成的模板，目前提取RNA的方法很多，也有不少商业化的试剂盒。
1.TRIZOL法
(1)在上述方法中制备的带有细胞沉淀的Eppendorf管中加入1ml TRIZOL溶液，用手反复摇匀至细胞碎块完全被裂解，如不易完全裂解，可用移液器带有1ml无菌吸头反复吹打、研磨，至组织细胞完全裂解，液体基本澄清为止，必要情况下，可再次加入少许TRIZOL溶液。
(2)将上述Eppendorf管置室温(25~27℃)静置15~20min后(也可置4℃较长时间)，每管加入0.2ml氯仿(02ml/ml)，在手中反复振荡摇匀，室温静置10min。
(3)将Eppendorf管置于高速台式冷冻离心机，或将普通离心机事先置4℃冰箱预冷。在4℃ 12 000r/min离心10min。
(4)小心吸取上层水相置于另一无菌的新的Eppendorf管中，内含有提取的细胞总RNA。
(5)于管中加入05ml异丙醇，室温沉淀10min或4℃沉淀30min至1h。
(6)4℃ 12 000r/min离心10min，弃上清，沉淀用75%无水乙醇洗两次。
(7)最后让沉淀的RNA在室温自然干燥，切勿抽干。
(8)每管用8~10μl无RNAase的纯水重悬干燥后的RNA，置于冰浴立即用于cDNA合成或置-70℃长期保存。
