酶切位点识别序列)

不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求（在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。）

保护碱基：当酶切位点在双链DNA的尾端时，性内切酶经常不能成功切断(简单的想象为酶遇到识别位点之后从旁边掉下去了…… =_=|||)所以经常在引物设计时，在末端的性内切酶识别位点之后再加上2、3个碱基以确保成功酶切。比如你的引物是

5‘

GCTAGCNNNNN……

3’

可以改成

5‘ CAGGCTAGCNNNNN…… 3’ 呃……CAG是我随便加的，你可以考虑一下CG/AT含量

酶 寡核苷酸序列 GGTCGACC Acc I CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG CACATGTG Afl III CCACATGTGG CCCACATGTGGG GGCGCGCC Asc I AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA CCCCGGGG Ava I CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA BamH I CGGATCCG 链长 8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 切割率% 2 hr 0 0 0 0 >90 >90 >90 >90 >90 50 >90 >90 10 20 hr 0 0 0 0 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 25 CGGGATCCCG CGCGGATCCGCG CAGATCTG Bgl II GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC GGCGCGCC BssH II AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA BstE II GGGT(A/T)ACCC AACTGCAGAACCAATGCATTGG BstX I AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT CATCGATG Cla I GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG GG^AATTCC 10 12 8 10 12 8 10 12 9 22 24 27 8 8 10 12 >90 >90 0 75 25 0 0 50 0 0 25 25 0 0 >90 50 >90 >90 0 >90 >90 0 0 >90 10 0 50 >90 0 0 >90 50 8 EcoR I CGG^AATTCCG CCGG^AATTCCGG GGGGCCCC Hae III AGCGGCCGCT TTGCGGCCGCAA CA^AGCTTG Hind III 8 CCA^AGCTTGG CCCA^AGCTTGGG GGGTACCC GGGGTACCCC 8 10 10 12 8 10 12 10 12 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 0 0 10 0 0 75 Kpn I 0 >90 0 >90 CGGGGTACCCCG Mlu I GACGCGTC CGACGCGTCG CCCATGGG CATGCCATGGCATG CCATATGG CCCATATGGG Nde I CGCCATATGGCG GGGTTTCATATGAAACCC GGAATTCCATATGGAATTCC GGGAATTCCATATGGAATTCCC GGCTAGCC Nhe I CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG TTGCGGCCGCAA ATTTGCGGCCGCTTTA Not I AAATATGCGGCCGCTATAAA ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA Nsi I TGCATGCATGCA CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT TTAATTAA Pac I GTTAATTAAC CCTTAATTAAGG GTTTAAAC Pme I GGTTTAAACC GGGTTTAAACCC AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG GCTGCAGC Pst I TGCACTGCAGTGCA AACTGCAGAACCAATGCATTGG 12 8 10 8 14 8 10 12 18 20 22 8 10 12 12 16 20 24 28 12 22 8 10 12 8 10 12 24 8 14 22 >90 0 25 0 50 0 0 0 0 75 75 0 10 10 0 10 10 25 25 10 >90 0 0 0 0 0 0 75 0 10 >90 >90 0 50 0 75 0 0 0 0 >90 >90 0 25 50 0 10 10 90 >90 >90 >90 0 25 >90 0 25 50 >90 0 10 >90 Nco I AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT CCGATCGG Pvu I ATCGATCGAT TCGCGATCGCGA Sac I CGAGCT^CG GCCGCGGC TCCCCGCGGGGA GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC Sal I GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA Sca I GAGTACTC AAAAGTACTTTT CCCGGG Sma I CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA GACTAGTC Spe I GGACTAGTCC CGGACTAGTCCG CTAGACTAGTCTAG GGCATGCC Sph I CATGCATGCATG ACATGCATGCATGT AAGGCCTT Stu I GAAGGCCTTC AAAAGGCCTTTT CT^CTAGAG Xba I GCT^CTAGAGC 24 26 8 10 12 8 8 12 28 30 32 8 12 6 8 10 12 8 10 12 14 8 12 14 8 10 12 8 10 12 >90 0 0 10 0 10 0 50 0 10 10 10 75 0 0 10 >90 10 10 0 0 0 0 10 >90 >90 >90 0 >90 75 >90 0 0 25 10 10 0 >90 0 50 75 25 75 10 10 50 >90 >90 >90 50 50 0 25 50 >90 >90 >90 0 >90 >90 Sac II TGCT^CTAGAGCA CTAGT^CTAGACTAG CC^TCGAGG 14 75 >90 8 Xho I CCC^TCGAGGG CCGC^TCGAGCGG CCCCGGGG Xma I CCCCCGGGGG CCCCCCGGGGGG TCCCCCCGGGGGGA 8 10 12 14 10 12 0 10 10 0 25 75 0 25 50 >90 0 75 >90 >90 注释

1. 如果要加在序列的5’端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的5’端加上相应的

碱基（黑色），如果要在序列的3’端加上保护碱基，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的3’端加上相应的碱基（黑色）。 2. 切割率：正确识别并切割的效率。

3. 加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。 4.