金融凭证诈骗罪的立案标准：个人进行金融凭证诈骗，数额在一万元以上的；单位进行金融凭证诈骗，数额在十万元以上的。金融凭证诈骗罪是指以非法占有为目的，采用虚构事实、隐瞒的方法，使用伪造、变造的委托收款凭证、汇款凭证、银行存单等其他银行结算凭证，骗取他人财物，数额较大的行为。法律依据：《最高人民关于机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第五十二条使用伪造、变造的委托收款凭证、汇款凭证、银行存单等其他银行结算凭证进行诈骗活动，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：（一）个人进行金融凭证诈骗，数额在一万元以上的；（二）单位进行金融凭证诈骗，数额在十万元以上的。
