动物防疫许可证的办理流程：
1、当事人要带证明材料，到县级以上地方兽医主管部门提出申请；
2、受理申请的兽医主管部门按行政许可法进行审查；
3、经审查合格的，发给动物防疫条件合格证。不合格的，应当通知申请人并说明理由；
4、要办工商登记的，申请人凭动物防疫条件合格证，向工商行政管理部门申请登记注册。
动物防疫许可证的办理资料：
1、动物防疫条件合格申请表；
2、场所地理位置示意图、各功能区布局平面图；
3、清洗、消毒、无害化处理设施设备清单；
4、管理制度文本；
5、工作人员名册及身体健康证明。
法律依据：《中华人民共和国动物防疫法》第二十一条
国家支持地方建立无规定动物疫病区，鼓励动物饲养场建设无规定动物疫病生物安全隔离区。对符合农业农村主管部门规定标准的无规定动物疫病区和无规定动物疫病生物安全隔离区，农业农村主管部门验收合格予以公布，并对其维持情况进行监督检查。
省、自治区、直辖市制定并组织实施本行政区域的无规定动物疫病区建设方案。农业农村主管部门指导跨省、自治区、直辖市无规定动物疫病区建设。
农业农村主管部门根据行政区划、养殖屠宰产业布局、风险评估情况等对动物疫病实施分区防控，可以采取禁止或者特定动物、动物产品跨区域调运等措施。
