集体土地所有权证书已作废是土地使用证时限到期的意思。
集体土地使用证的办理程序
(一)申请
1、由农村村民个人向所属乡镇国土资源管理所提出申请，领取土地登记申请审批表。
2、提交个人身份证或农村居民户口簿复印件一份。
3、土地权属材料(82年5月14日以前，提交村、队权属来源证明书;82年5月14日以后，提交农村建房使用证;97年4月以后提交农村建房申请书、农村建设用地批准书等)。
(二)调查
由乡镇国土资源管理所对申请者的用地进行地籍调查、地籍测量、申请人现场指界、邻宗地签字盖章，填写地籍调查表，绘制宗地草图。
(三)审核
先由乡镇国土资源管理所进行审核，再报县国土资源局审核，审核用地材料是否合法，用地界线是否无争议，用地面积是否准确。
(四)审批
经审核符合“用地面积清楚，界址准确，权属合法，无争议”原则的，可批准并进行张榜公布，在公布一个月内无单位或个人对其提出争议的，由县颁发集体土地使用证。
部门宣告集体土地使用证失效的同时就会告知当事人失效的原因的，在这里我们也没有办法在没有实际案例的情况下无辜揣测。被部门依法所注销的集体土地使用证虽然也会失去法律效力，可是，这跟非法取得土地使用权导致失效的性质是不一样的。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法》
第十一条：农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；已经属于乡（镇）农民集体所有的，由乡（镇）农村集体经济组织经营、管理。
第十二条：土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行规执行。
依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
