双方在分居后可以协商离婚或者依法起诉离婚。根据相关法律规定，协议离婚的条件为婚姻关系合法有效、已订立离婚协议、经过三十天离婚冷静期、亲自领取离婚证等，起诉离婚的条件为婚姻关系合法有效、当事人自愿、夫妻感情破裂、调解无效等。
一、两年一起共同债务也能分开离婚吗
分居两年有共同债务只要经法定程序就可以离婚，两者之间并无直接影响。双方协议离婚的，要求婚姻关系合法有效、双方订立离婚协议、亲自申请离婚登记、经过离婚冷静期等；双方起诉离婚的，要求婚姻关系合法有效、当事人自愿离婚、调解无效、夫妻感情确已破裂等。
二、如何才能登记离婚
1、夫妻双方就自愿离婚、子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致，并订立书面离婚协议；
2、双方应当出具本人的户口簿、身份证、双方当事人共同签署的离婚协议书、结婚证等材料；
3、经过三十天离婚冷静期；
4、婚姻关系合法有效；
5、当事人属于完全民事行为能力人。
三、办理协议离婚的条件、程序以及应提交的证件材料
办理协议离婚的条件：婚姻关系合法有效、订立书面离婚协议、双方亲自申请、经过离婚冷静期等。程序：当事人双方订立离婚协议后，亲自申请离婚登记，经民政局审核通过，经过三十日离婚冷静期，双方亲自申请发给离婚证。应提交的证件材料：结婚证、离婚协议、身份证等。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。
人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
