土地确权证发下来了有纠纷的解决方法具体如下：
1、土地确权后如果有争议当事人可以到当地乡或土地管理所请求处理；
2、乡镇不受理的当事人可直接向县申请，由受理机关对土地纠纷先行调解，调解无效的作出处理决定；
3、当事人对处理决定不服的，可以在接到处理决定后30日内向人民起诉；
4、仲裁解决。仲裁是我国在特定的农村土地承包经营的前提下，为解决农村土地承包纠纷的“准司法”方式，不同于仲裁法规定的一般经济纠纷仲裁；
5、诉讼解决。诉讼是解决土地承包纠纷的终极途径，任何一方均可以向提起诉讼，的判决结果是具有强制力的。
土地纠纷的类型：
1、村集体或村干部对村民利益的侵害。有的村干部素质不高，工作责任心不强，在农村土地承包合同的订立中手续不完备造成不必要的失误，履行中又漠视农民权益成为纠纷产生的重要因素。有的村干部在发包土地时暗箱操作，引起群众不满。有的是在履行过程中常常因为村委会负责人更换，新旧班子之间或村干部之间有矛盾，导致现任村委会否认原合同，私自变更合同条款或对标的物重新发包，导致纠纷发生；
2、村民对村集体利益的损害。有的村民未按约履行承包合同造成纠纷。有的承包户以低价承包，又以高价擅自转包，从中坐收渔利。有的村民不遵守合同约定，故意拖欠承包费，制造各种事端，致使村干部催收困难。有的承包户擅自改变土地用途，违反合同约定破坏土地和林业资源，损害集体的利益；
3、村民之间的土地利益纠纷。有的村民依仗各种权势力或者力量，强行挤占他人土地。有的村民在耕种自己的土地时，侵犯其他村民的各种利益。在村民土地纠纷中最多的往往是地界纠纷，这种纠纷大多由于历史原因涉及人员多、情况复杂而难以解决。
综上所述，完善的纠纷解决机制是农村土地纠纷解决的有效途径和手段。根据本地这些年土地纠纷解决的统计资料来看，复杂的农村土地纠纷能够较好地解决多是由乡村两级以及上级土地管理、司法等有关部门相互配合的结果。
【法律依据】：
《中华人民共和国土地管理法》第十四条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由处理。
单位之间的争议，由县级以上处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级或者县级以上处理。
当事人对有关的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
