扣发工资是指员工违反公司规章制度，而进行的处罚，每月扣发的金额不得超过月工资的百分之二十。
用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬25%的经济补偿金。
公司恶意扣除员工工资的处理办法如下：
1、劳动者因被扣除工资发生争议时，应先向用人单位提出支付的要求，主动与用人单位沟通协商；
2、在劳动争议发生后，劳动者可向劳动争议调解委员会提出请求，要求其主持调解；
3、在无法与用人单位协商或者经协商仍无效时，劳动者可以在劳动关系终止之日起1年内提起仲裁。
面这几种情形下，用人单位从员工的工资中进行扣发是合法的：
1、代扣个人所得税;
2、代缴社会保险的个人缴费部分和住房公积金的个人缴费部分;
3、协助执行判决、裁定，及其它生效的法律文书;
4、抵扣用人单位的损失。
【本文所涉及的法律依据】：：
《工资支付暂行规定》
第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
