认罪认罚不起诉是会有案底的。在我国只要构成犯罪就会留有案底，跟犯罪嫌疑人是否认罪认罚没有任何关系。如果是犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，并且愿意接受处罚的，人民可以对犯罪嫌疑人依法从宽处理。
哪些情况会留案底
1、受过治安或者刑事处罚；
2、吸毒人员；
3、经常性上访人士，有相似的案情人反馈过有记录案底；
4、经济案件进过看守所，最后没有批捕。
【法律依据】：《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百六十五条
对被判处有期徒刑或者拘役的罪犯，有下列情形之一的，可以暂予监外执行：
（一）有严重疾病需要保外就医的；
（二）怀孕或者正在哺乳自己婴儿的妇女；
（三）生活不能自理，适用暂予监外执行不致危害社会的。
对被判处无期徒刑的罪犯，有前款第二项规定情形的，可以暂予监外执行。
对适用保外就医可能有社会危险性的罪犯，或者自伤自残的罪犯，不得保外就医。
对罪犯确有严重疾病，必须保外就医的，由省级指定的医院诊断并开具证明文件。
在交付执行前，暂予监外执行由交付执行的人民决定；在交付执行后，暂予监外执行由监狱或者看守所提出书面意见，报省级以上监狱管理机关或者设区的市一级以上机关批准。
