合作医疗补报销各地各不相同，但是根据有关通知，各省制定自己的试点。一般而言合作医疗报销分为：1.门诊补偿，根据医院等级不同而不同。①村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%；镇卫生院就诊报销40%；在二级医院就诊报销30%；三级医院就诊报销20%。2.住院补偿：①镇卫生院报销60%;②二级医院报销40%;③三级医院报销30%。3.大病补偿，一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即①5001-10000元补偿65%；②10001-18000元补偿70%。
法律规定：《关于加快推进新型农村合作医疗试点工作的通知》内容规定：建立新型农村合作医疗制度，是从我国基本国情出发，解决农民看病难问题的一项重大举措，对于提高农民健康水平、缓解农民因病致贫、因病返贫、统筹城乡发展、实现全面建设小康社会目标具有重要作用。各有关部门要从执政为民、以人为本和建设和谐社会的高度，充分认识开展新型农村合作医疗试点工作的重大意义，按照的部署和要求，统一思想，明确目标，精心组织，扎实工作，把这项造福广大农民的大事抓紧、抓实、抓好。各省（区、市）相关部门要认真组织开展调查研究，完善试点方案，规范运作机制，形成2~3种比较成熟的试点模式，供今后推广时借鉴。
