法律分析：合同是总公司签付款由分公司付的操作是合理的。分公司是与总公司或本公司相对应的一个概念。许多大型企业的业务分布于全国各地甚至许多国家，直接从事这些业务的是公司所设置的分支机构或附属机构，这些分支机构或附属机构就是所谓的分公司。而公司本身则称之为总公司或本公司。分公司是总公司下属的直接从事业务经营活动的分支机构或附属机构。虽然分公司有公司字样，但它不是真正意义上的公司。因为分公司不具有企业法人资格，不具有的法律地位，不承担民事责任。公司没有自己的财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。
法律依据：《中华人民共和国公司法》 第十四条 公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法承担民事责任。
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