小智最稀有的5个精灵如下：
1、甲贺忍蛙，甲贺忍蛙是小智在卡洛斯地区收服的第一只宝可梦，它可以与小智产生牵绊现象，能够变身为小智版甲贺忍蛙，被认为是非常稀有的宝可梦。
2、猫头夜鹰，小智的猫头夜鹰是一只颜色特异的猫头夜鹰，体型比其他同类小，但非常聪明，足以指挥其他宝可梦作战，它的稀有性主要体现在其特殊的颜色和智力上。
3、乘龙（拉普拉斯），乘龙性格温顺，能够理解人类的语言，并且喜欢让人或宝可梦骑在背上渡海，它曾因非法捕捞而濒临灭绝，是十分稀有的宝可梦之一。
4、黏美龙，黏美龙最初是以一种保护小智等人的形态出现，后来进化为了黏美龙，并帮助打退了火箭队，虽然关于黏美龙的稀有性没有直接说明，但它在小智的宝可梦阵容中并不常见，可以推测其稀有性。
5、卡比兽，卡比兽体型巨大，拥有不可思议的力量，其力量与食物有关，它的存在很可怕，因为它们存在爆发，并且爆发之前很弱，卡比兽在小智的宝可梦中也属于较为稀有的存在。
