蓝藻，一种原核生物，又被称为蓝绿藻或蓝细菌，多数拥有胶质衣，因此也被称为粘藻。蓝藻是所有藻类中最简单的一种，没有细胞核，但其核物质通常以颗粒或网状形式存在，均匀分布于细胞质中。蓝藻中还含有多种色素，如蓝藻叶黄素、胡萝卜素、蓝藻藻蓝素和蓝藻藻红素等。红海之所以呈现红色，正是由于其中含有大量含有藻红素的蓝藻。
蓝细菌，一种古老的生物，在大约30亿年前，地球尚处于无氧状态，是蓝细菌的出现和产氧作用使得地球环境从无氧转变为有氧。人们在从前寒武纪地壳中发现的大量由蓝细菌生长形成的化石化的叠层岩（约30亿年）及27亿年黑色页岩中代表蓝藻存在的分子化石（生物标志物）中得到证实。蓝细菌的细胞结构简单，只具有原始核，没有核膜和核仁，只有拟核，含有叶绿素和藻蓝素，没有叶绿体。因此，它被归类于原核生物界的蓝光合菌门。
蓝细菌与水体环境质量密切相关。当它们在水体中繁盛生长时，可以改变水的颜色，有时还会散发出草腥或霉味。在湖泊和海洋中，常见的蓝细菌有铜绿微囊藻、曲鱼腥藻等。某些种类的蓝细菌大量繁殖会导致“水华”或“赤潮”，污染水质，引发一系列环境问题。在污水或潮湿土地上常见的蓝细菌有灰颤藻或巨颤藻。许多蓝细菌具有固定空气中氮的能力，目前已发现的固氮蓝细菌多达120多种。
在中国，太湖的蓝藻爆发污染是蓝藻危害的一个具体体现。2007年6月，太湖蓝藻大爆发，几十厘米厚的蓝藻覆盖所有水面。无锡市公布的数据显示，除无锡水厂外，其余占全市供水70%的水厂水质都被污染，水龙头中流出的水又黄又臭，200万无锡市民生活饮用水受污染，市区纯净水被哄抢。尽管国家采取了治理措施，但蓝藻每年仍会爆发。
