进入游戏后，首先进行主角的设定，这次主角的衣服显得格外清爽。选择好性别和名字后，就可以正式开始游戏了。搬家到了新地方ミシロタウン，刚下卡车就被母亲叫进屋子。两只不眠猴代替了豪力搬家公司员工，正在忙碌地搬运东西。父亲显然是训练它们的，这确实是个节省开支的好方法。
上到二楼，设定好墙上钟表的时间，游戏采用了真实时间制，建议大家按照现实时间来设定。下楼后，母亲非常激动地让你看电视里的父亲采访，这是否在暗示希望你子承父业？
刚搬到新地方，当然要先拜访一下邻居。据说隔壁大婶家有一个漂亮女孩，一定要认识一下。来到二楼，那女孩正专心玩电脑，主角对地板上的精灵球很感兴趣，刚想拿起来看个究竟，那女孩就跑了过来，报上大名后就一溜烟地走了。
离开了邻居家，来到研究所，发现博士不在。走出研究所后，一路往上走，会发现博士正被一只ジグザグマ追得团团转。看到主角的到来，博士让主角从旁边草地上的背包里随便挑一个妖怪来赶走ジグザグマ。三只妖怪分别是草系的キモリ，火系的アチャモ，水系的水五朗ミズゴロウ。由于这次的最终BOSS是水系，所以特攻速度都相当优秀的草蜥蜴无疑是通关的最佳选择。
选定后，就可以进入战斗。轻松打败敌人后，博士带主角回到了研究所，为了表示感谢，博士把刚才挑选的那只妖怪送给了主角，并拜托主角去103号道路，把他的女儿叫回研究所。
出了研究所向上走，来到了コトキタウン，在这里的PC屋可以补充体力，与商店下方的欧巴桑对话可以得到一个补体力药。来到103号道路后，发现邻居家的女孩小遥就是博士的女儿，上前与她对话，但她执意要和主角进行一场对战才肯回去。没办法，只好答应她，小遥手里的妖怪属性始终是克制主角选择的那只妖怪，但她的等级只有5级，还没学会自身属性的招式，稍费点劲就可以赢过她。
回研究所后，博士送给主角一套方圆图鉴，而小遥也给了5个精灵球给主角，终于可以开始收集妖怪之旅了。路过家门口，母亲给了一双跑鞋给主角（按B键移动速度会加快）。
再次来到コトキタウン，发现原来在路左边挡路的人不见了，通过102号道路就可以来到老爸会馆所在地トウカシティ。这一路上有不少训练员，可以好好练练级。而且还会发现有些地方种着树，果实可以再种植，不过只有时钟版才能生长。
进GYM找到老爸，但他却说主角是新手，等拿到4个徽章再来挑战他，还让一个小毛孩教主角如何捉妖怪。没办法，还是去别的地方看看吧，在出镇的时候，一个叫エニシダ的商人模样的胖子叫住了主角，问了问主角是不是精灵训练师后就神秘地跑开了。
进入森林后，会发现有人的蘑菇小子被洪水团的人抢走了，而那人觉得主角好欺负，甚至打起了主角手里精灵球的主意。不过，他的妖怪实在是菜，很容易就可以解决掉了。见势不妙的小喽罗甩下几句话就跑了，旁边的人则送了个超级球给主角以表感激。
穿过森林往上走，在一家花店可以得到重要道具鲸鱼洒水壶（ホエルコじょうる），以前只是洒水用，现在却是捉胡说树的重要道具。别忘记拿。往上走，路过桥的时候会发生双人战，以前是要对话才会战斗，现在她们会主动提出挑战。注意队里配合，个个击破就可以了。
过桥后就到了第二个会馆所在地カナズミシティ市。在PC屋左边的房子里，有个老伯会给主角01号秘传机器いあいぎり（居合斩，在地图上使用，可以砍断拦路的树）。在市里的学校，老师还会送给主角先制之爪（せんせいのツメ），作用是在战斗中有1/4几率先制攻击。
稍微准备一下就可以去GYM挑战岩系馆主ツツジ了。如果开始选择妖怪如果是水和草就只需要练到会本系的招数就可以轻松通过了，如果是火系的就有点麻烦，要练到第一次进化，成为格斗系，这样不但不被克，还可以学会格斗系招式反克岩石系。
打过会馆首领后，她会送给主角39号技能机器がんせきふうじ（岩石封印）和岩石徽章。有了岩石徽章就可以在地图上使用居合斩来砍树了。刚出会馆，就看见一个洪水团的人快速跑过，而后面也跟着一个人。追上前得知，洪水团的人抢走了那人的东西。一路右行，在山洞里发现了洪水团的小喽罗，而他似乎还抢了一只海鸥。不堪一击的
